Untuk sampai ke Ambon ada penerbangan langsung dari Jakarta , Surabaya dan Makassar serta dari beberapa bandara kecil di Maluku dan Papua Barat. Dari Jakarta menggunakan Lion Air dan Garudaakan ada 2 kali penerbangan transit dan langsung tanpa transit. Sedangkan dari Bali selalu melewati Makassar.
Jika Anda menunggu penerbangan selanjutnya di Bandara Jakarta, Blue Sky Lounge di Terminal 1 atau Saphire D`Consulate Lounge di Terminal 2 adalah tempat yang sempurna untuk beristirahat. Dengan biaya Rp 180.000 anda bisa menikmati makanan, serta menggunakan WIFI, tempat duduk dan toilet yang nyaman serta banyak lagi fasilitas. Tepat di sebelah halte bus antar-jemput, di lantai 2 ada fasilitas bus yang menghubungkan terminal nasional dan internasional, dan juga kereta gantung dari bandara di seberang. Dengan keadaan lalu lintas di Jakarta, Anda sebaiknya melakukan perjalanan 30 menit atau bahkan 1jam lebih awal untuk tiba di bandara. Transportasi seperti kereta atau bus memakan waktu lebih banyak. Opsi lain yang lebih cepat adalah Taxi dengan argometer atau lebih mudah dengan beberapa aplikasi transportasi seperti GRAB, GOCAR, dan lainnya yang bisa Anda download menggunakan telefon selular Anda. Dengan itu Anda bisa dengan mudah menemukan kendaraan yang Anda inginkan.
Maskapai penerbangan di Indonesia rentan terhadap keterlambatan, karena itu Anda sebaiknya bisa lebih pandai mengatur jadwal penerbangan Anda yang mungkin berkelanjutan. Beberapa maskapai hanya memberikan 10 kg tunjangan bagasi gratis, selebihnya dapat dikenakan biaya sekitar 25.000 IDR – 50.000 IDR per kilo. Untuk peralatan selam jika anda bisa berlaku sopan dan ramah kepada petugas, kadang bisa diloloskan secara gratis.