Direkte Flüge nach Ambon gibt es von Jakarta, Surabaya und Makassar aus sowie von einigen kleineren Flughäfen in den Molukken und in Westpapua. Ab Jakarta fliegt Lion Air und Garuda jeweils zweimal täglich, davon einmal ohne Zwischenstopp. Von Bali aus erreicht man Ambon am einfachsten mit Garuda und Lion Air, jeweils mit Zwischenstopp in Makassar.
Bei Wartezeit am Flughafen von Jakarta bietet sich die Blue Sky Lounge in Terminal 1 oder die Saphire D`Consulate Lounge in Terminal 2 an, für 180 000 IDR gibt es dort Essen, WIFI, Duschen, bequeme Sessel und einiges mehr. Sie befindet sich im 2. Stock direkt bei der Haltestelle des Shuttlebusses, der kostenlos zwischen internationalem und nationalem Flugterminal pendelt. Mittlerweile gibt es zusätzlich den Sky Train, der gegenüber vom Airport abfährt. Für die Bus- oder Zugfahrt sollte mind. eine ½ Stunde eingeplant werden.
Wer wenig Zeit hat, kann stattdessen auf Taxen zurückgreifen, zu empfehlen sind Taxen der Marke Bluebird, die nach Taxameter abrechnen. Es gibt auch einige Transport- Apps wie GRAB und GOCAR in Indonesien, mit denen man ein privates Taxi finden kann. Um die Apps zu verwenden, müssen sie auf dem Mobiltelefon installiert werden.
Indonesische Fluggesellschaften neigen zu Verspätungen, bitte rechnet ausreichend Zeit bei Anschlussflügen ein. Einige Airlines geben nur 10 Kilo Freigepäck, aber Übergepäck kann für eine Gebühr von 25.000 IDR – 50.000 IDR pro Kilo mitgeführt werden. Mit einem netten Lächeln und der freundlich vorgetragenen Äußerung, man hätte doch Tauchgepäck dabei, kann man dieses öfters auch umsonst aufgeben. Groß gewachsene Menschen sollten versuchen Sitze am Notausgang zu buchen.